Την ποινή της ακοινωνησίας, της διακοπής δηλαδή κάθε επικοινωνίας ανάμεσα στις δύο πλευρές, επέβαλε το Οικουμενικό Πατριαρχείο στον αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο. Παράλληλα, θεωρεί άκυρη την εκλογή μητροπολιτών των Νέων Χωρών από την Εκκλησία της Ελλάδος.
Η ομόφωνη απόφαση της διευρυμένης Ιεράς Συνόδου αναγνώσθηκε στο ναό του Αγίου Γεωργίου στο Φανάρι και υπεγράφη από τις 42 επισκόπους που συμμετείχαν στη σύνοδο.
Συνοπτικά, η ομόφωνη απόφαση της διευρυμένης συνόδου του Οικουμενικού Πατριαρχείου έχει ως εξής: Το Οικουμενικό Πατριαρχείο
– θεωρεί άκυρες τις εκλογές στις μητροπόλεις Θεσσαλονίκης, Ελευθερουπόλεως και Κοζάνης,
– διακόπτει την κοινωνία μετά του αρχιεπισκόπου Αθηνών κ. Χριστοδούλου, στη λατρεία και στη διοίκηση,
– συνιστά στους αντικανονικώς εκλεγμένους να μην αναλάβουν τις επαρχίες τους, διαφορετικά θα διακοπεί και η μετ αυτών κοινωνία,
– παρακαλεί την έντιμον ελληνικήν Πολιτείαν να μην εκδώσει Προεδρικά Διατάγματα, για να μην συμπράξει στην κατάλυση της κανονικής τάξεως,
– εκφράζει δυσαρέσκεια και λύπη για όσους συμμετείχαν στις χειροτονίες των αντικανονικώς εκλεγέντων και
– προειδοποιεί ότι, αν συνεχιστεί η «κανονική ανωμαλία», το Οικουμενικό Πατριαρχείο θα αναγκαστεί να άρει την Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη του 1928.
Αναλυτικότερα, το Φανάρι θεωρεί άκυρες τις εκλογές στην Αθήνα και επιβάλλει το επιτίμιο της ακοινωνησίας στον Αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο, «μέχρι της συμμορφώσεώς του προς την εκκλησιαστική τάξη». Η διακοπή της κοινωνίας για τον Αρχιεπίσκοπο χαρακτηρίζεται ως λειτουργική και διοικητική και αφορά κατ οικονομία μόνο τον ίδιο τον κ. Χριστόδουλο και δεν επεκτείνεται σε κανέναν άλλο, πολύ δε περισσότερο στο πλήρωμα της Αρχιεπισκοπής.
Παράλληλα, το Οικουμενικό Πατριαρχείο καλεί την ελληνική Πολιτεία να μην προχωρήσει στην έκδοση των Προεδρικών Διαταγμάτων για την τοποθέτηση των νέων μητροπολιτών στις θέσεις τους, όπως αυτές αποφασίστηκαν από την Ιεραρχία της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Το Οικουμενικό Πατριαρχείο απειλεί επίσης με άρση της Πράξης του 1928, σε περίπτωση που, όπως επισημαίνεται στην απόφαση της διευρυμένης Συνόδου του, δεν αρθεί η «κανονική ανωμαλία» που επήλθε με την εκλογή των μητροπολιτών στις Νέες Χώρες.
Σημειώνεται εδώ ότι με την Πράξη του 1928 παραχωρήθηκε η διοίκηση των μητροπόλεων των Νέων Χωρών στην Εκκλησία της Ελλάδος.
Ακόμη, το Οικουμενικό Πατριαρχείο θεωρεί άκυρες τις εκλογές μητροπολιτών σε Θεσσαλονίκη, Ελευθερούπολη και Κοζάνη. Καλεί δε τους νέους μητροπολίτες να μην αναλάβουν τα καθήκοντα τους, διαφορετικά θα επιβάλει και σε αυτούς το επιτίμιο της ακοινωνησίας.
Στην ομόφωνη απόφαση της συνόδου του Οικουμενικού Πατριαρχείου επισημαίνεται ακόμη ότι ο αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος «υπέκλεψε δικαιώματα που δεν του ανήκουν».
Πηγές της συνόδου ανέφεραν ότι κατά τη διάρκεια της συνόδου αναγνώσθηκαν και καταχωρήθηκαν στα πρακτικά επιστολές των Πατριαρχών Αλεξανδρείας Πέτρου και Ιεροσολύμων Ειρηναίου, που καταδίκασαν τον αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο και τού ζήτησαν να συμμορφωθεί στις αποφάσεις του Φαναρίου.